MySQL - MyISAM konvertálás InnoDB-re

PHPMyadminban csinálsz egy ilyen lekérdezést, az ADATBÁZISNEVE helyére behelyettesítve a kívánt tábla nevét.

SELECT CONCAT('ALTER TABLE ', TABLE_NAME, ' ENGINE=InnoDB;') AS Tablak

FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema = 'ADATBÁZISNEVE'

A kapott eredményt kiexportálod sql-be, vagy esetleg megjeleníted mint szöveg.
Majd például Notepad++-ban levágod a piros részeket:  

INSERT INTO `TABLES` (`ALTER TABLE `) VALUES
('ALTER TABLE alapanyagtabla ENGINE=InnoDB;'),
('ALTER TABLE arfolyamtabla ENGINE=InnoDB;'),...

A kapott eredményt, lefuttatod az adatbázison és lőn boldogság!
Ez működik Vice-versa, természetesen utána egy tábla optimalizálást, vagy javítást nem árt nyomni.